من أشهر وأقدم المساجد في اليمن، الأمر الذي أكسبه مكانةً دينيةً كبيرة، فضلاً عن اعتباره آيةً في فن الهندسة الإسلامية.
يقع في الجهة الجنوبية الشرقية لمدينة صعدة الجديدة، التي اختطها الإمام الهادي إلى الحق يحيى بن الحسين، وسمي الجامع باسمه.
تأسس عام 297 للهجرة؛ أي قبل سنة واحدة من وفاة الإمام الهادي، ليتولى أولاده عملية استكمال البناء بالشكل والحجم الذي خطّط له - وهو البناء الموجود اليوم في الجهة الجنوبية، ثم قام الإمام المهدي علي بن محمد عام 753هـ بتوسعته بـ45 متراً طولا و8 أمتار عرضا. كما قام الأمير شمس الدين بن الإمام شرف الدين ببناء الملحق الأمامي.
يتألف الجامع من صحن مكشوف في الوسط تحيط به أربعة أروقة أعمقها رواق القبلة، ويمكن الدخول إليه عبر ثلاثة عشر باباً. وللجامع مئذنتان، الكبرى منهما تقع في الصحن، وتعد من أكبر المآذن اليمنية، إذ يصل ارتفاعها إلى حوالي 52 متراً. أما المئذنة الثانية فهي صغيرة وتقع في الفناء الجنوبي.
يحتوي على العديد من العناصر المعمارية ذات التأثيرات المختلفة، ويعد ثالث جامع في اليمن تلحق به مئذنة، بعد جامع فروة بن مسيك والجامع الكبير بصنعاء. كما أنه أقدم مسجد جامع تلحق به منازل للمنقطعين والمهاجرين، بالإضافة إلى أنه المثل الوحيد الذي تبرز كتلة محرابه عن سمت الواجهة بمستويين وتدرج يقل كلما ارتفع البناء.
يوجد فيه أيضاً منبر خشبي من أقدم المنابر ذات التاريخ المدون، إذ يرجع تاريخه إلى 310هـ، إلى جانب ثمانية تراكيب خشبية حملت صفوفها من شتى الزخارف العربية، والعديد من شواهد القبور التي حملت في نصوصها أنواعاً من الخطوط المحفورة في الحجر توضح إبداع الخطاط اليمني وقدرته ومهارته عبر العصور الإسلامية.
كما نُفذت على جدران المسجد زخارف هندسية ونباتية وكتابية متنوعة بمادة الجص، وبإتقان منقطع النظير.
في 9 مايو 2015 استهدف طيران العدوان السعودي جامع ومقام الإمام الهادي بعدة غارات طالت البوابة الشرقية والأوقاف المحيطة به. كما أدى الاستهداف إلى استشهاد 4 مواطنين وإصابة آخرين.